Захожу в дерево умений (через кнопку К) и там куча умений в разных рамочках, и кружочки и ромбики и квадратики и прямоугольники и звездочки и ромашки, что это значит?

В "Настройке перезарядки" вы настраиваете какие скилы будут отображаться в слотах перезарядки (место и отображаются ли эти слоты настраивать в Esc - Редактировать UI). Слоты перезарядки отображают лишь иконку скила, время кд. Эти слоты отличаются от быстрых слотов, через которые скилы можно использовать.